Genomika proiektua
Ambar bateko moskito baten genomaren analisia
Informazio nukleotidikoa
Generaren informazioa lortzeko Ensembl data basea erabili izan da. Data basean SRY genea bilatzerakoan bi aukera agertzen dira
Bi aukeren arteko ezberdintasuna zein den jakiteko,bien sekuentziak hartu eta BLAST erabiliz lerrokatu egin dira.
Biak lerrokatzerakoan ikusi da ez dagoela diferentziarik. Beraz, lehenengo aukerarekin geratuko gara honek UTRak dituelako eta modu honetan sekuentzia honetan egon daitezken aldaketak ere analiza dezakegulako.
Genearen cDNA eta UTR sekuentzia.
cDNA
UTRak
GTAACAAAGAATCTGGTAGAAGTGAGTTTTGGATAGTAAAATAAGTTTCGAACTCTGGCA
CCTTTCAATTTTGTCGCACTCTCCTTGTTTTTGACAATGCAATCATATGCTTCTGCTATG
TTAAGCGTATTCAACAGCGATGATTACAGTCCAGCTGTGCAAGAGAATATTCCCGCTCTC
CGAAGAAGCTCTTCCTTCCTTTGCACTGAAAGCTGTAACTCTAAGTATCAGTGTGAAACG
GGAGAAAACAGTAAAGGCAACGTCCAGGATAGAGTGAAGCGACCCATGAACGCATTCATC
GTGTGGTCTCGCGATCAGAGGCGCAAGATGGCTCTAGAGAATCCCAGAATGCGAAACTCA
AAGATCAGCAAGCAGCTGGGATACCAGTGGAAAATGCTTACTGAAGCCGAAAAATGGCCA
TTCTTCCAGGAGGCACAGAAATTACAGGCCATGCACAGAGAGAAATACCCGAATTATAAG
TATCGACCTCGTCGGAAGGCGAAGATGCTGCCGAAGAATTGCAGTTTGCTTCCCGCAGAT
CCCGCTTCGGTACTCTGCAGCGAAGCGCAACTGGACAACAGGTTGTACAGGGATGACTGT
ACGAAAGCCACACACTCAAGAATGGAGCACCAGCTAGGCCACTTACCGCCCATCAATGCA
GCCAGCTCACCGCAGCAACGGGACCGCTACAGCCACTGGACAAAGCTGTAGGACAATCGG
GTAACATTGGCTACAAAGACCTACCTAGATGCTCCTTTTTACGATAACTTACAGCCCTCA
CTTTCTTATGTTTAGTTTCAATATTGTTTTCTTTTCTCTGGCTAATAAAGGCCTTATTCA
Kromosoman duen kokapena
Sekuentzia promotorearen analisia
Gure Contigean genearen aurretik kokatzen diren 500 baseak hartu eta Ensembl data basean lortutako promotore sekuentziarekin lerrokatuz hurrengo emaitza lortu da.
Query 1 ATCCTAGAAGTTGGGCATAAAATACTTGTAAGTATATGCTAATATTCTGATACTTAATGC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATCCTAGAAGTTGGGCATAAAATACTTGTAAGTATATGCTAATATTCTGATACTTAATGC 60
Query 61 CTGTGAAAAATGTGTATAGAATTTTCAATTTTTAAATAGAAGTGAAGAAAAAGCGATAAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTGTGAAAAATGTGTATAGAATTTTCAATTTTTAAATAGAAGTGAAGAAAAAGCGATAAT 120
Query 121 AATTACTATAAATTCAATATGCAGTTATGTATGTATGTGTGTGGTTAAGACAATTAGGTT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AATTACTATAAATTCAATATGCAGTTATGTATGTATGTGTGTGGTTAAGACAATTAGGTT 180
Query 181 CTCATTAAGCTTTGtttttttAAAGATAACATACACATATATTGATAATGATAAACAATT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTCATTAAGCTTTGTTTTTTTAAAGATAACATACACATATATTGATAATGATAAACAATT 240
Query 241 CATATAGCTTTTTGTGTCCTCTCGTTTTGTGACATAAAAGGTCAATGAAAAAATTGGCGA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CATATAGCTTTTTGTGTCCTCTCGTTTTGTGACATAAAAGGTCAATGAAAAAATTGGCGA 300
Query 301 TTAAGTCAAATTCGCATTTTTCAGGACAGCAGTAGAGCAGTCAGGGAGGCAGATCAGCAG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTAAGTCAAATTCGCATTTTTCAGGACAGCAGTAGAGCAGTCAGGGAGGCAGATCAGCAG 360
Query 361 GGCAAGTAGTCAACGTTACTGAATTACCATGTTTTGCTTGAGAATGAATACATTGTCAGG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GGCAAGTAGTCAACGTTACTGAATTACCATGTTTTGCTTGAGAATGAATACATTGTCAGG 420
Query 421 GTACTAGGGGGTAGGCTGGTTGGGCGGGGTTGAGGGGGTGTTGAGGGCGGAGAAATGCAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTACTAGGGGGTAGGCTGGTTGGGCGGGGTTGAGGGGGTGTTGAGGGCGGAGAAATGCAA 480
Query 481 GTTTCATTACAAAAGTTAAC 500
||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTTTCATTACAAAAGTTAAC 500
Beraz, kasu honetan ez dago aldakortasunik sekuentzia promotorean eta honi lotuko zaizkion transkripzio faktoreak hurrengo irudian agertzen dira.
Atzera
