Genomika proiektua
Ambar bateko moskito baten genomaren analisia
Aldakortasunaren analisia
Contig-aren cDNA sekuentzia Ensembl data basean agertzen den GPR146 genearen cDNA sekuentziarekin lerrokatuko da BLAST bidez, SNPak bilatzeko asmoz.
Bi sekuentzien artean 7 nukleotidotan desberdintzen dira, beraz 7 SNP izango ditugu.
SNP horiek duten eragina aztertuko dugu orain.
Horretarako lehendabizi SNP horiek zehatzago aztertzeko hasleak diseinatzen dira. 7 SNPak nahiko banaturik daude bi izan ezik, beraz 5 hasle diseinatuko dira horietako bik 2 SNP barneratuko dituztelarik.
Hasleak diseinatzerako orduna kontuan hartuko diren irizpideak:
-
GC portzentai antzekoa %50-60 artean
-
Hasleak haien artean ez dira osagarriak izan behar eta ezta urkilak faboratu
-
GGG, GGT, ATT, CGA, TAA eta TTA moduko sekuentzietan bukatzea ekidin behar da
Hala ere, hasleak diseinatzen dituen softwarea erabiliko da, prozesua errazteko.
SNP horiek duten eragina Ensembl data basearen bidez bilatzen da. Kasu honetan, gure genean agertzen diren 7 polimorfismoak ez dira data basean agertzen beraz, printzipioz ez dago definiturik zelako eragina izan dezaketen sekuentzian.
Gainera, SNP horiek proteina sekuentzian duten eragina ikusteko, gure contigeko proteina sekuentzia data basean agertzen den proteina sekuentziarekin lerrokatzen da.
Beraz, 6 aminoazidotan aldatzen dela ikusi daiteke.
1. haslea (1. SNP-a)
2. haslea (2. eta 3. SNP-ak)
3. haslea (4. SNP-a)
4. haslea (5. eta 6. SNP-ak)
5. haslea (7. SNP-a)
Atzera
