Genomika proiektua
Ambar bateko moskito baten genomaren analisia
Aldakortasunaren analisia
Contig-aren cDNA sekuentzia Ensembl data basean agertzen den SRY genearen cDNA sekuentziarekin lerrokatuko da BLAST bidez, SNPak bilatzeko asmoz.
Bi sekuentzien artean 4 nukleotido besterik ez dira ezberdin, beraz 4 SNP izango ditugu.
SNP horiek duten eragina aztertuko dugu orain.
Horretarako lehendabizi SNP horiek zehatzago aztertzeko hasleak diseinatzen dira. 4 SNPak nahiko banaturik daudenez 4 hasle diseinatzen dira.
Hasleak diseinatzerako orduna kontuan hartuko diren irizpideak:
-
GC portzentai antzekoa %50-60 artean
-
Hasleak haien artean ez dira osagarriak izan behar eta ezta urkilak faboratu
-
GGG, GGT, ATT, CGA, TAA eta TTA moduko sekuentzietan bukatzea ekidin behar da
Hala ere, hasleak diseinatzen dituen softwarea erabiliko da, prozesua errazteko.
LEHENENGO SNP:
BIGARREN SNP:
HIRUGARREN SNP:
LAUGARREN SNP:
SNP horiek duten eragina Ensembl data basearen bidez bilatzen da. Kasu honetan, gure genean agertzen diren 4 polimorfismoak ez dira data basean agertzen beraz, printzipioz ez dago definiturik zelako eragina izan dezaketen sekuentzian.
Gainera, SNP horiek proteina sekuentzian duten eragina ikusteko, gure contigeko proteina sekuentzia data basean agertzen den proteina sekuentziarekin lerrokatzen da.
Beraz, 2 aminoazidoen aldaketa dagoela ikusi daiteke
Atzera
