Genomika proiektua
Ambar bateko moskito baten genomaren analisia
Ortologoak
Behia
cDNA
Lehenengo lerroan gure contigeko genearen sekuentzia agertzen da eta bigarrenean behiaren sekuentzia.
Query 22 ATGTTAAGCGTATTCAACAGCGATGATTACAGTCCAGCTGTG------CAAGAGAATATT 75
||||| || ||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||| | | || |
Sbjct 1 ATGTTCAGAGTATTGAACGACGATGTTTACAGTCCAGCTGTGGTACAGCAACAAACTACT 60
Query 76 CCCGCTCTCCGAAGAAGCTCTTCCTTCCTTTGCACTGAAAGCTGTAACTCTAAGTATCAG 135
| |||| | | | | ||||||||| ||||| || || || | | || |||||
Sbjct 61 CTCGCTTTTAGGAAAGACTCTTCCTTG---TGCACAGACAGTCATAGCGCAAATGATCAG 117
Query 136 TGTGAAACGGGAGAAAACAGTAAAGGCAACGTCCAGGATAGAGTGAAGCGACCCATGAAC 195
||||||| ||||||| | || | | | |||||| || |||||||||||||||
Sbjct 118 TGTGAAAGGGGAGAACATGTTAGGGAGAGCAGCCAGGACCACGTCAAGCGACCCATGAAC 177
Query 196 GCATTCATCGTGTGGTCTCGCGATCAGAGGCGCAAGATGGCTCTAGAGAATCCCAGAATG 255
|| ||||| ||||||||||| || | || || ||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 178 GCCTTCATTGTGTGGTCTCGTGAACGAAGACGAAAGGTGGCTCTAGAGAATCCCAAAATG 237
Query 256 CGAAACTCAAAGATCAGCAAGCAGCTGGGATACCAGTGGAAAATGCTTACTGAAGCCGAA 315
||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || || |||
Sbjct 238 AAAAACTCAGACATCAGCAAGCAGCTGGGATATGAGTGGAAAAGGCTTACAGATGCTGAA 297
Query 316 AAATGGCCATTCTTCCAGGAGGCACAGAAATTACAGGCCATGCACAGAGAGAAATACCCG 375
|| | |||||||| |||||||||||| | ||| ||||| ||| |||| |||||||||
Sbjct 298 AAGCGCCCATTCTTTGAGGAGGCACAGAGACTACTAGCCATACACCGAGACAAATACCCG 357
Query 376 AATTATAAGTATCGACCTCGTCGGAAGGCGAAGATGC 412
||||| |||||||||||||||| || |||| ||
Sbjct 358 GGCTATAAATATCGACCTCGTCGGAGAGCCAAGAGGC 394
Proteina
Hemen ere lehenengo lerroan gure contigeko genearen proteina sekuentzia agertzen da eta bigarrenean behiaren genearen sekuentzia.
Query 8 MLSVFNSDDYSPAV--QENIPALRRSSSFLCTESCNSKYQCETGENSKGNVQDRVKRPMN 65
M V N D YSPAV Q+ A R+ SS LCT+S ++ QCE GE+ + + QD VKRPMN
Sbjct 1 MFRVLNDDVYSPAVVQQQTTLAFRKDSS-LCTDSHSANDQCERGEHVRESSQDHVKRPMN 59
Query 66 AFIVWSRDQRRKMALENPRMRNSKISKQLGYQWKMLTEAEKWPFFQEAQKLQAMHREKYP 125
AFIVWSR++RRK+ALENP+M+NS ISKQLGY+WK LT+AEK PFF+EAQ+L A+HR+KYP
Sbjct 60 AFIVWSRERRRKVALENPKMKNSDISKQLGYEWKRLTDAEKRPFFEEAQRLLAIHRDKYP 119
Query 126 NYKYRPRRKAKMLPKNCSLLPADPASVLCSEAQLDNR---LYRDDCTKATHSRMEHQLGH 182
YKYRPRR+AK K+ LPAD +S+LC+ ++ YRD C K T+S+ME QL
Sbjct 120 GYKYRPRRRAKRPQKS---LPAD-SSILCNPMHVETLHPFTYRDGCAKTTYSQMESQLSR 175
Query 183 LPPINAASSPQQRDRYSHWTKL 204
+ +S Q++ +S WT L
Sbjct 176 SQSVIITNSLLQKEHHSSWTSL 197
Txerria
Ensembl-ek bi txerri sarrera ditu ortologoak bilatzerako orduan beraz egin beharreko lehenengo gauza bien arteko desberdintasuna zein den ikustea da. Horretarako bien cDNA sekuentziak BLAST bidez lerrokatu ziren hurrengo emaitzak lortuz:
Beraz, ikusi daiteke ez dagoela bien arteko ezberdintasunik baina bata bestea baino luzeagoa izango da. Luzeagoa den sekuentziak gainera UTRak dituela esaten du Ensembl data baseak, beraz hau lerrokaketa egiteko aukeratuko den sekuentzia.
cDNA
Beti bezala, lehenengo lerroan gure contigeko genearen cDNA agertzen da eta bigarrenean aldiz txerriaren genearen sekuentzia.
Query 2 TGCAATCATATGCTTCTGCTATGTTAAGCGTATTCAACAGCG-ATGATTACAGTCCAGCT 60
|||| |||||||||||||||||||| || ||||| || |||| | |||||||| |||||
Sbjct 5 TGCAGTCATATGCTTCTGCTATGTTCAGAGTATTGAA-AGCGGACGATTACAGCCCAGCG 63
Query 61 GTGCAAGAG---AATATTCCCGCTCTCCGAAGAAGCTCTTCCTTCCTTTGCACTGAAAGC 117
| || || ||||||| ||| | | | | |||| || | || || || |
Sbjct 64 GCACAGCAGCAAAATATTCTCGCCTTGGGGAAAGGCTCCTCACTATTTCCGACGGACAAT 123
Query 118 TGTAACTCTAAGTATCAGTGTGAAACGGGAGAAAACAGTAAAGGCAACGTCCAGGATAGA 177
|| ||| ||| || ||||||| ||| || ||| || | | ||||||| |
Sbjct 124 CATAGCTCAAAGGATGGACGTGAAACTAGAGGAAGTGGTAGAGAGAGTGGCCAGGATCGT 183
Query 178 GTGAAGCGACCCATGAACGCATTCATCGTGTGGTCTCGCGATCAGAGGCGCAAGATGGCT 237
|| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||| | || |||||
Sbjct 184 GTCAAGCGACCCATGAACGCTTTCATTGTGTGGTCTCGTGATCAAAGGAGAAAAGTGGCT 243
Query 238 CTAGAGAATCCCAGAATGCGAAACTCAAAGATCAGCAAGCAGCTGGGATACCAGTGGAAA 297
|||||||| || ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||
Sbjct 244 CTAGAGAACCCTCAAATGCAAAACTCAGAGATCAGCAAGTGGCTGGGATGCAAGTGGAAA 303
Query 298 ATGCTTACTGAAGCCGAAAAATGGCCATTCTTCCAGGAGGCACAGAAATTACAGGCCATG 357
|||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 304 ATGCTTACAGAAGCCGAAAAGCGCCCATTCTTCGAGGAGGCACAGAGGCTACAGGCGGTG 363
Query 358 CACAGAGAGAAATACCCGAATTATAAGTATCGACCTCGTCGGAAGG 403
||| |||| ||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||
Sbjct 364 CACCGAGATAAATACCCGGGCTATAAATACCGACCTCGTCGCAAGG 409
Proteina
Query 1 MQSYASAMLSVFNSDDYSPAVQE-NIPALRRSSSFLCTESCNSKYQCETGENSKGNVQDR 59
+QSYASAM V +DDYSPA Q+ NI AL + SS T++ +SK ET + + + QDR
Sbjct 2 VQSYASAMFRVLKADDYSPAAQQQNILALGKGSSLFPTDNHSSKDGRETRGSGRESGQDR 61
Query 60 VKRPMNAFIVWSRDQRRKMALENPRMRNSKISKQLGYQWKMLTEAEKWPFFQEAQKLQAM 119
VKRPMNAFIVWSRDQRRK+ALENP+M+NS+ISK LG +WKMLTEAEK PFF+EAQ+LQA+
Sbjct 62 VKRPMNAFIVWSRDQRRKVALENPQMQNSEISKWLGCKWKMLTEAEKRPFFEEAQRLQAV 121
Query 120 HREKYPNYKYRPRRKAKMLPKNCSLLPADPASVLCSEAQLDNRLYRDDCT--KATHSRME 177
HR+KYP YKYRPRRK + + +LLPA+ A+VLCS+ +++ R+Y T KA S E
Sbjct 122 HRDKYPGYKYRPRRKGE---RAQNLLPAE-AAVLCSQVRVEERMYPFTYTVAKAKCSGTE 177
Query 178 HQLGHLPPINAASSPQQRDRYSHWTKL 204
QL H P+N SS Q++ +WT L
Sbjct 178 SQLSHSQPMNITSSLLQQEDRCNWTGL 204
Atzera
